En Hitman 1: Codename 47, la trama gira en torno a un hombre llamado Agente 47 (o simplemente "47"), que es el producto de experimentos de mejoras genéticas y creación de superhombres, especialmente diseñado para asesinar cuando se lo contrata.
El juego se divide en varias historias principales, cada una con sus niveles. Antes de cada nivel, la Agencia le da la oportunidad al jugador de seleccionar algunas de las armas y el equipo que va a llevar consigo a la misión, según el dinero que haya obtenido en las anteriores fases. Una vez estudiados los informes de cada objetivo, así como las fotos o los mapas que le puedan ser proporcionados, el jugador inicia la misión.
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