En Silent hill, Harry Mason, un escritor de 32 años, es convencido por su hija Cheryl de pasar unas vacaciones en Silent Hill; mientras conduce a las afueras del pueblo, Harry desvía su coche para evitar golpear a una niña que se aparece de la nada en la carretera. Como resultado, estrella su vehículo y pierde el conocimiento. Tras esto, despierta en el pueblo y conoce a Cybil Bennett, una oficial de policía que trabaja en una ciudad cercana, además de darse cuenta de que su hija Cheryl ha desaparecido. La ciudad de Silent Hill está desierta y cubierta de niebla, con nieve cayendo fuera de temporada y monstruos hostiles vagando por las calles.
Al avanzar la trama, Harry descubrirá la verdad acerca de la ciudad y de un culto que desea llevar a cabo un ritual para traer a una deidad a la tierra. El juego posee 5 finales, que se obtienen según las acciones tomadas por el jugador, incluyendo un final de broma.
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